En la nueva Facultad de Ciencias de la UCE algunas de las líneas de investigación propuestas son: Análisis Matemático - Ecuaciones en Derivadas Parciales - Dinámica de Fluidos, Simetría Molecular - Química Cuántica, Sistemas Dinámicos, Teoría Cuántica de Campos, Física - Matemática, Economía Matemática, Educación e Investigación para el Desarrollo Sostenible, Astrofísica. Una de las áreas de estudio sería Biomatemática y se espera realizar aplicaciones en Física-Médica, a través del estudio de problemas disipativos, dispersivos, entre otros, en medios no lineales ya sean perfectos o con viscosidad. Una de las aplicaciones iría orientada al estudio de tumores cancerígenos y para esto se necesita un alto grado de formación en Ecuaciones en Derivadas Parciales, Teoría de la Medida, Teoría de Distribuciones, Análisis de Fourier, Dinámica de Fluidos, Sistemas Dinámicos caóticos, Sistemas Hamiltonianos, Electromagnetismo, Teorías Clásicas de Campos, Mecánica Cuántica, Simetría Molecular, Física Atómica, Física Nuclear, Química Cuántica, Teoría Cuántica de Campos, Teorías de Gauge, Análisis Armónico, Teoría Espectral, Problemas Inversos, Análisis Numérico, Teoría Ergódica, Teoría de Fractales, Teoría de Grupos, Topología Diferencial, y otros. Algunos de nuestros grupos de investigación ya están en marcha y produciendo libros y publicaciones indexadas a nivel nacional e internacional como es el caso de: Análisis Matemático - Ecuaciones en Derivadas Parciales - Dinámica de Fluidos, Simetría Molecular - Química Cuántica - Teoría Cuántica de Campos, Sistemas Dinámicos.
Los matemáticos hacen mucho aportes gracias a sus diferentes líneas de investigación como por ejemplo:
"Víctor Manuel Pérez dirige un laboratorio de oncología donde une matemáticas y ciencia médica para investigar tumores cerebrales y leucemias con ecuaciones y estadística."